Die .thumbnails kan je gewoon verwijderen zonder problemen. Van zodra je in een map komt waar foto's of filmpjes in staan, zal ubuntu die automatisch terug aanmaken. Maar dan is hij wel uitgekuist (zoals voor jou de bedoeling is...)
Gewoon wissen zoals elk ander bestand.
PS: om verborgen bestanden (bestanden en mappen die beginnen met een punt) te kunnen zien in een venster, druk ctrl+H