Formatteren kun je inderdaad met gparted doen, maar snelst is (weer) de commandolijn. Je moet alleen de devicename van je partitie kennen ("sudo blkid"). Stel, je externe partitie is /dev/sdc1. Ontkoppel de schijf eerst. Dan formatteren:
sudo mkfs -t ext3 /dev/sdc1
Vervang "ext3" door "msdos" voor FAT16, "vfat" voor FAT32, "ntfs" voor ntfs, ...
Daarna schijf loskoppelen en terug aankoppelen.