Beide commando's kan je zonder huivering gebruiken.
Als je programma's installeert, dan worden installatiebestanden met de .deb extensie naar je computer gedownload. Eens ze werden gedownload, worden de programma's met behulp van die .deb bestanden geïnstalleerd. "Geïnstalleerd" betekent dat de relevante uitvoerbare bestanden en configuratiebestanden op de juiste plaats in je systeemfolders worden geplaatst.
De gedownloade .deb bestanden worden op je computer bewaard. 'autoclean' zal die .deb bestanden verwijderen, die niet meer nuttig zijn omdat ze niet meer in de softwarebronnen aangeboden worden, of omdat ze verouderd zijn. Alle andere .deb bestanden blijven staan. Ze vormen een buffer, die vermijdt dat je het pakket weer eens moet downloaden als je het opnieuw wil installeren. Persoonlijke bedenking: volgens mijn ervaring wordt een pakket telkens toch opnieuw gedownload, zodat het bewaren van die bestanden niet zo zinvol is. Ik vermoed dat dit systeem vroeger veel meer van belang was, toen internetverbindingen traag, duur en niet altijd beschikbaar waren.
De optie 'clean' is vollediger: die optie zal alle gedownloade .deb bestanden verwijderen.
'autoremove' heeft betrekking op de geïnstalleerde pakketten. Het zal automatisch die pakketten verwijderen, die ooit zijn automatisch mee geïnstalleerd werden als afhankelijkheid van een ander pakket, dat ondertussen verwijderd werd. Bijkomende voorwaarde is natuurlijk dat het pakket ook door geen enkel ander pakket wordt gebruikt.
Bijvoorbeeld, de desktop xfce installeer je door het pakket 'xfce4' te installeren.
sudo apt install xfce4
Automatisch zullen (zeer) veel pakketten die bij de desktop horen, de zogenaamde 'afhankelijkheden' of 'dependencies', ook mee gedownload worden en mee geïnstalleerd worden, denk maar aan bestandsbeheer thunar en al zijn afhankelijkheden, het xfce controle centrum, enz.
Als je nu xfce verwijdert
sudo apt remove xfce4
dan blijven al die afhankelijkheden vooralsnog op je systeem achter. Enkel het pakket xfce4 wordt verwijderd. Het commando
sudo apt autoremove
zal nu ook automatisch die andere pakketten die met xfce4 zijn meegekomen, verwijderen.