Laatste versies van Windows Server (2008, 2012) zijn redelijk stabiel en secure. Alleen, als je een Windows-licentie voor HPC (high-performance computing, zoals een supercomputer) wilt, moet je licentiekosten per CPU core betalen. Gezien supercomputers erg veel processoren hebben, gaat dat snel duur worden.
Ook kan Linux eenvoudiger aangepast worden voor de architectuur waar het op draait; veel supercomputers hebben een speciale architectuur die het moeilijk maakt om stock-software te draaien.
