Controleren van schijven (partites, beter gezegd) gebeurt met fsck. Om een schijf te controleren, mag de schijf niet in gebruik zijn. Je moet dus vanaf een live CD werken om je systeemschijf te checken.
Zoals r0n zegt wordt een schijf automatisch gechecked na 30 keer mounten, tenminste als in /etc/fstab aangegeven staat dat dat moet gebeuren, (en als het ext3 volume ingesteld is om na x aantal keren booten gechecked te worden).
Dus, praktisch gesproken volg je maar de raad van Rulus.