Op zich heeft Linux geen enkele moeite met NTFS schijven of FAT16/32 schijven. Andersom geeft meer problemen (Windows kan niet overweg met ext3 of ext4 schijven). Dus daar hoef je je niet druk over te maken.
Als je een apparaat verkeerd afkoppeld kan dit idd tot een probleem leiden. Als jij je mediaplayer zo ineens uit de pc trekt zonder deze te unmounten, dan kan je apparaat vergrendeld blijven als het ware zodat deze niet te benaderen is bij een volgende gebruik. Je kan dan meldingen krijgen dat alleen een root het apparaat mag bedienen.
Als je geen belangrijke dingen op je mediaplayer hebt staan, formateer deze dan en kijk wat ie dan doet.