Je hebt in je apache configuratie (/etc/apache2/sites-available/naam.conf) verschillende instellingen voor virtualhost, servername en documentroot. Je kan daar instellen hoe de verschillende websites bereikbaar zijn.
Met het commando a2ensite naam kan je vervolgens de symlink aanmaken naar /etc/apache2/sites-enabled.
Ik kan je aanraden om voor ieder subdomein of stuk software een aparte configuratie te maken, dan kan je die makkelijker bijhouden.