Er staan tussen de normale menu bestanden ook nog een aantal wine zaken bij mij. Daar had ik nog niet gekeken... stom natuurlijk. Misschien dat deze bij jou missen?
ls /usr/share/applications/wine*
geeft bij mij:
/usr/share/applications/wine-browsedrive.desktop
/usr/share/applications/wine-notepad.desktop
/usr/share/applications/wine-uninstaller.desktop
/usr/share/applications/wine-winecfg.desktop
/usr/share/applications/wine.desktop