Het aantal bestanden op een bestandsysteem wordt beperkt door het aantal opslageenheden (inodes, clusters). Er is geen limitatie voor wat het aantal bestanden betreft in één directory (voor zover het aantal opslageenheden toelaat), maar directories die zeer veel bestanden bevatten, worden zeer traag om in te lezen en te manipileren. Voor wat FAT betreft, is de ruimte in de root directory wél beperkt.
Het zou mij nu sterk verbazen dat op al je oude schijven alle bestanden in één enkele directory staan. Als je al iedere schijf met behoud van zijn bestandsstructuur in een afzonderlijke directory op je server opslaat, dan moet je zeker komen tot een bestandssysteem die handelbaar is met het ext3 of ext4 bestandsopslagsysteem.
Anders is er wel een commandolijn te brouwen die bijvoorbeeld 1000 bestanden tegelijk wegschrijft naar verschillende directories (met een bash "for" loop bijvoorbeeld). Vrijwilligers?