Volgens mij heb ik in een eerdere versie van Ubuntu ook dit soort problemen gehad.
Probeer dit eens, het werkte toen voor mij:
Ga naar Systeem>Voorkeuren>Verwisselbare stations en media
Haal de vinkjes weg bij "verwisselbare stations automatisch aankoppelen" en bij "verwisselbare media aankoppelen zodra ingevoerd".
Het nadeel is dat als je een andere cd of een usb stick in je computer stopt, deze niet meer automatisch herkend wordt. Eventueel kan je ook proberen om maar 1 vinkje weg te halen. Even proberen welke werkt.