Volgens mij is de kans groot dat windows niet meer zal opstarten, ik heb zelf ook zoiets meegemaakt.
Heb je een goeie backup dat zou ik het proberen en dan via een live cd je grub herstellen indien nodig..
terminal livecd..
sudo fdisk -l
mount linux partitie
sudo mount /dev/?? /mnt
sudo grub-install /dev/sdx??? root--directory=/mnt
sudo umount /mnt
sudo reboot
Let op, als je geen ervaren gebruiker bent doe het dan via een live herstel cd bv repair-boot.iso