Zolang je / en /home aan laat staan dan kan dat wel.
Dan blijft de kern van je systeem veilig.
Ik zou alleen wel 1 keer per maand even handmatig checken dan.
Even de partitie unmounten, en dan het volgende uitvoeren:
sudo e2fsck -p -f -C 0 -D /dev/hdb1
Daarna weer mounten en je kan gewoon verder werken.