Hallo Jos,
Voor dat soort klussen heb je nou de "for" loops. Dat zijn speciale terminal opdrachten. Ik zie dat je de voorkeur geeft aan een GUI. Die zou ik niet weten.
Deze vond ik via Google:
for i in */; do zip -r "${i%/}.zip" "$i"; done
Ga in de map staan waar al die submappen zitten, open daar een terminal en plak die loop opdracht erin. Klik op Enter. Dat daar een terminal openen hangt af van welke distributie je hebt. Bij Xubuntu vind je dat via een rechtermuisklik en in de Unity van de 16.04 ook.
Eén rechterklik en één opdracht, dat is te proberen toch. Plakken in de terminal doe je met Crtl-Shft-V!
Nou, sorry, beter heb ik niet voor je. Maar die terminal is wél razendsnel!