Inderdaad op het Windows systeem op je school unmounten (via de optie " hardware veilig verwijderen"). Dan moet het lukken. Ik vermoed dat bij gebruik onder windows er bepaalde systeemdata op komt die er weer af moet door het apparaat te unmounten.
Zelf heb ik twee dual boot systemen met ubuntu (XP desktop en een Vista laptop), en daar moet ik de C:/ drive ook altijd unmounten (althans onder linux, anders zal waarschijnlijk Windows niet goed booten).
Dus: op het ene systeem je externe schijf unmounten, voordat je deze op het andere gebruikt.