Joost volgens mij maak je je het jezelf moeilijker dan nodig. In mijn ervaring is opruimen van achtergebleven restanten, afgezien van de door Bobbie genoemde opties, niet echt nodig met Ubuntu. Zolang je .deb bestanden (handmatig of met synaptic/apt-get) installeert weet dpkg gewoonlijk wel weer alles te de-installeren. Wat overblijft is misschien een paar honderd MB (volgens mij niet eens) per jaar en dat is met een gemiddelde harde schijf van 160 GB niet echt de moeite waard. Helemaal als je na een half jaar weer een schone installatie doet bij een nieuwe versie van Ubuntu.
Wat wel eens nuttig is, is als je weinig reboot, om de paar maanden als root je /tmp/ map (deze bevat tijdelijke bestanden die weg kunnen) helemaal leeg maken omdat als hier veel in staat het opstarten traag kan worden.