Bij die 16.04 installatie kan je zonder problemen dat bestand weghalen:
sudo rm /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades.ucf-dist
Dit bestand is er waarschijnlijk gekomen na een update waarbij een configuratie verandering werd gevraagd.
Kijk maar eens in /etc/apt/apt.conf.d dan zal je de originele 50unattended-upgrades ook zien staan.