Dit brengt een stuk duidelijkheid in de vraag.
De map 'Program Files' in Wine is een andere map dan op je C: partitie.
De map 'c:' in '.wine' verwijst (standaard) naar de map "~/.wine/drive_c" en niet direct naar je C: partitie.
Het zou in principe wel kunnen, maar is zeer sterk af te raden i.v.m. zowel veiligheid als stabiliteit.
Zou je willen kijken of je het programma direct zo in wine kan draaien.
Dan zou je het kunnen proberen de map van het programma naar de 'Program Files' in "~/.wine/drive_c" te kopiëren en het programma te runnen.
Voor informatie over programma's waarvan bekend is of ze in Wine draaien en hoe goed, kan je beter op de website van Wine zelf kijken.
http://www.winehq.org/