Kort antwoord: een niet meer gebruikte hidden map kan je zonder enig risico verwijderen.
Dergelijke verborgen mappen kan je "zonder gevaar" verwijderen. "zonder gevaar" betekent dat je op geen enkele manier je besturingssysteem/software beschadigt. De volgende keer dat het programma, dat deze folder heeft aangemaakt, opgestart wordt, zal het een nieuwe folder aanmaken. Wissen van dergelijke folder is dus zeer goed om een programma eens terug te resetten naar "fabrieksinstellingen".
Je kan evenwel data verliezen: verwijderen van een .thunderbird folder zal ook al je lokaal bewaarde email wissen (als je dat nog hebt, tenminste), wissen van een .zotero folder zal ook gans je bibliografische databank verwijderen. Je moet dus toch even opletten wat je wil wissen en waarom.