Volgens mij zit daar niet veel verschil tussen. Ik kies in synaptic altijd voor volledig verwijderen.
Daarna zet ik synaptic uit en tik in de terminal:sudo apt-get clean && sudo apt-get autoremove
Vervolgens ga ik weer terug naar synaptic en zoek naar eventuele Resterende Configuratie. (Als die aanwezig is verschijnt die na het indrukken van de status-knop onderaan links).
Bij sommige programma's is het handig om ook de verborgen map ervan te verwijderen. Die staat in je home-map.