Ook mjn advies is: ntfs, als je de schijf ook in Windows gebruikt.
Een aandachtspuntje. Een harde schijf geformateerd in ntfs zal onder Linux enkel automatisch aangekoppeld worden als het bestandssysteem "gezond" is en goed afgesloten werd. Dat is logisch: anders is er immers risico voor verdere schade aan het bestandssysteem (MS Windows hanteert die logica blijkbaar niet).
Praktisch betekent dat dat je de schijf altijd goed moet afkoppelen. Onder Linux gebruik je het "Ontkoppel" commando (rechts-klik op het icoon van de schijf op de desktop, kies "ontkoppel"). Onder Windows gebruik je het "Safely remove hardware" icoon in de tray (zoek en klik drie, vier keer: dat is hier één voorbeeld waar Linux veel gebruiksvriendelijker is). Ook als je Windows (of Linux) *volledig* afsluit (géén hibernate of slaapstand) wordt de schijf correct afgesloten.
Geen paniek als je schijf eens niet aankoppelt onder Ubuntu. Start dan in plaats Windows op en verwijder ze eens met het icoontje. Helpt dat nog niet, dan moet je ook eens schijfcontrole doen onder Windows alvorens ze af te koppelen.