ffmpeg commandolijn is veruit de snelste manier om je nieuwe audio en video in een nieuw bestand te "muxen".
avidemux is het grafische programma bij uitstek om dit te doen en ondersteunt meerdere mediacontainerformaten (.avi, .mkv, mp4, flash, ... ).
Werk je met het Matroska (.mkv) formaat, dan zou je dit met mkvmerge (grafisch, ook commandolijn) kunnen doen.
Openshot is daar niet voor ontworpen: het kan, maar audio en video worden opnieuw geconverteerd, wat tijd vraagt en kwaliteitsverlies oplevert.