Nou ik heb het maar handmatig gedaan en dus is het probleem opgelost.
Er zijn meer wegen naar Rome en je kiest zelf welke weg je neemt. Het pakket plaatst de software bewust in /usr en niet in /var/www. In de configuratie van de (apache) webserver kan je aangeven waar de wordpress software staat. Waarschijnlijk bevat het pakket ook een voorbeeld-configuratie.
Voor het geval je Wordpress ook op internet wil gebruiken moet je weten dat updates van het wordpress-pakket nog steeds in /usr komen en nu dus
niet worden gebruikt. Dit kan een risico zijn omdat zonder beveiligingsupdates dit soort pakketten onbevoegden toegang kunnen geven tot je server.