ik had dat probleem laatst ook, en dit heeft bij mij geholpen:
haal pavucontrol binnen (staat in synaptic) en open het via terminal ($ pavucontrol). open ook skype en maak een testcall, je kan nu met pavucontrol alle audio apparaten en audio in- en output regelen. het is wel even spelen met de instellingen, maar als het werkt dan blijft ie ook staan.
succes, steven