Hallo Pieter, nog even.
Een computer is een besturingssysteem plus applicaties daar bovenop (hardware even niet meegerekend). Dat is een 'software stack' die heel fragiel is. Haal ergens een dragende applicatie of een dito bibliotheek weg, of verander het versienummer van een bibliotheek, en je hebt kans dat het hele kaartenhuis in elkaar stort. Hoeft niet, maar de kans is er. Ppa's vergroten die kans zeer gewis. Zelf gebruik ik een ppa voor de volgende ontwikkelversie 2.9 van GIMP zeer frequent en als ik terug wil naar de huidige versie 2.8 dan doe ik dat met ppa-purge. Geen enkel probleem en al m'n persoonlijke instellingen en add-ons/plug-ins blijven behouden.
Betekent niet dat je nooit wat moet installeren of verwijderen, betekent wel dat je van tevoren je maatregelen moet nemen om eventuele problemen snel te kunnen tackelen. Dat kan bijvoorbeeld door je Linux-systeem op een aparte /-partitie (root) te installeren en je data (jouw gegevens, mails, documenten, bookmarks, foto's, muziek, etc.) in een aparte /home-partitie te plaatsen.
Loop je dan tegen een ernstig probleem aan, dat kun je Ubuntu (of X|K|Lubuntu of whatever) binnen een uur weer volledig herinstalleren, incluis jouw favoriete programma's. Edit. En dat zonder enig - of misschien een heel klein beetje - dataverlies.